ChemSpider

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ChemSpider
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함유량
기술1 억 개 이상의 구조, 속성 및 관련 정보에 대한 빠른 액세스를 제공하는 화학 구조 데이터베이스입니다.
접촉
연구 센터Raleigh, 노스 캐롤라이나 , 미국
실험실
접속하다
웹 사이트www.chemspider.com
도구
독립형https://itunes.apple.com/us/app/chemspider/id458878661
여러 가지 잡다한
특허Creative Commons Attribution 유사 공유 [2]

ChemSpider화학 물질 데이터베이스입니다 . ChemSpider는 Royal Society of Chemistry 가 소유하고 있습니다. [3] [4] [5] [6] [7]

데이터베이스 [ 편집 ]

데이터베이스에는 다음을 포함한 270 개 이상의 데이터 소스에서 1 억 개 이상의 분자 에 대한 정보가 포함되어 있습니다 . [8]

  • EPA DSSTox [9]
  • 미국 식품의 약국 (FDA)
  • 인간 대사 체 데이터베이스
  • 이종 고리 화학 저널
  • 케그
  • KUMGM
  • LeadScope
  • LipidMAPS
  • 마린 릿
  • MDPI
  • MICAD
  • MLSMR
  • MMDB
  • MOLI
  • MTDP
  • 나노 젠
  • 자연 화학 생물학
  • NCGC
  • NIAID
  • 국립 보건원 (NIH)
  • NINDS 승인 약물 검사 프로그램
  • NIST
  • NIST 화학 웹북
  • NMMLSC
  • NMRShiftDB
  • 깃털 장식
  • PCMD
  • PDSP
  • 펩티드
  • Prous Science Drugs of the Future
  • QSAR
  • R & D 화학
  • 화학 유전체학을위한 샌디에고 센터
  • SGCOxCompounds, SGCStoCompounds
  • SMID
  • 명세서
  • 구조 유전체학 컨소시엄
  • SureChem
  • 신 톤랩
  • Thomson Pharma
  • 총 TOSLab 빌딩 블록
  • UM-BBD
  • UPCMLD
  • 유용한 화학
  • Web of Science
  • xPharm

각 화학 물질 에는 해당 URL의 일부를 형성 하는 고유 식별자 가 제공 됩니다. 예를 들어 아세톤 은 175이므로 URL은 http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html입니다.

크라우드 소싱 [ 편집 ]

ChemSpider 데이터베이스는 화학 구조 증착, 스펙트럼 증착 및 사용자 큐 레이션을 포함한 사용자 기여로 업데이트 할 수 있습니다 . 이것은 온라인 화학 데이터베이스를 개발하기위한 크라우드 소싱 접근 방식입니다. 크라우드 소싱 기반의 데이터 큐 레이션은 생의학 및 화학 문헌의 텍스트 마이닝 응용 프로그램에 사용 된 화학 구조와 관련된 화학 이름 사전생성했습니다 . [10]

그러나 데이터베이스 권한 은 포기되지 않으며 데이터 덤프 를 사용할 수 없습니다. 사실, FAQ에는 제한된 다운로드 만 허용된다고 명시되어 있습니다. [11] 따라서 포크 권한 이 보장되지 않으며 프로젝트가 무료 / 공개 로 간주 될 수 없습니다 .

검색 [ 편집 ]

사용 가능한 여러 검색 모듈이 제공됩니다.

  • 표준 검색 할 수 있습니다 쿼리 에 대한 체계적인 이름 , 상표 이름 과 동의어 및 레지스트리 번호
  • 고급 검색 과 같은 분자식 사용하고, 화학 구조, 하부 화학적으로 상호 작용을 검색 할 수 있습니다 분자량 범위 CAS의 번호, 공급자 등의 검색이 확대 또는 이미 찾은 결과를 제한하는 데 사용될 수있다.
  • 모바일 장치에서 구조 검색은 iOS (iPhone / iPod / iPad) [12]Android (운영 체제) 무료 앱을 사용하여 수행 할 수 있습니다 . [13]

화학 문서 마크 업 [ 편집 ]

ChemSpider 데이터베이스는 화학 문서 마크 업 의 기초로 텍스트 마이닝함께 사용되었습니다 . ChemMantis, [14] Chemistry Markup and Nomenclature Transformation Integrated System은 알고리즘을 사용하여 문서와 웹 페이지에서 화학 이름을 식별 및 추출 하고 ChemSpider에서 이름-구조 변환 알고리즘 및 사전 조회 를 사용하여 화학 구조로 화학 이름을 변환합니다. 데이터 베이스. 그 결과 화학 문서와 ChemSpider를 통한 150 개 이상의 데이터 소스에 대한 정보 조회 간의 통합 시스템이 탄생했습니다.

역사 [ 편집 ]

ChemSpider는 2009 년 5 월 RSC ( Royal Society of Chemistry )에 인수되었습니다 . [15] RSC에 인수되기 전에 ChemSpider는 민간 기업인 ChemZoo Inc에서 관리했습니다.이 시스템은 2007 년 3 월 베타 릴리스 로 처음 출시 되었습니다. 2008 년 3 월에 출시되었습니다.

서비스 [ 편집 ]

많은 서비스가 온라인으로 제공됩니다. 여기에는 화학 이름을 화학 구조로 변환 , SMILESInChI 문자열 생성, 많은 물리 화학적 매개 변수 예측 및 NMR 예측을 허용하는 웹 서비스에 대한 통합이 포함됩니다 .

SyntheticPages [ 편집 ]

SyntheticPages는 Royal Society of Chemistry 에서 운영하는 합성 화학 절차 의 무료 대화 형 데이터베이스입니다 . [16] 사용자는 사이트에 게시하기 위해 자신이 수행 한 합성 절차를 제출합니다. 이러한 절차는 독창적 인 작업 일 수 있지만 더 자주 문헌 반응을 기반으로합니다. 적절한 경우 원래 게시 된 절차에 대한 인용 이 이루어집니다. 게시하기 전에 과학 편집자가 확인합니다. 페이지는 과학 저널 처럼 공식적인 동료 검토를 거치지 않습니다.로그인 한 사용자가 댓글을 작성할 수 있습니다. 의견은 과학 편집자들에 의해 조정됩니다. 목적은 실험실에서 유용한 화학 합성 을 수행하는 방법에 대한 실제 경험을 수집하는 것입니다 . 일반 학술지에 게재 된 실험 방법 은 공식적으로 간결하게 나열되어 있지만 ChemSpider SyntheticPages의 절차는보다 실용적인 세부 사항과 함께 제공됩니다. 비공식이 권장됩니다. 제출자의 의견도 포함됩니다. 비교 가능한 양의 세부 사항이있는 다른 출판물에는 Organic SynthesesInorganic Syntheses가 포함 됩니다. SyntheticPages 사이트는 원래 Kevin Booker-Milburn ( 브리스톨 대학교) 교수 , Stephen Caddick (University College London ), Peter Scott ( University of Warwick ) 및 Dr Max Hammond. 2010 년 2 월에 Royal Society of Chemistry의 화학 구조 검색 엔진 ChemSpider와 합병이 발표되고 [17] ChemSpider | SyntheticPages (CS | SP)가 형성되었습니다.

PHACTS 열기 [ 수정 ]

ChemSpider Innovative Medicines Initiative 인 Open PHACTS 프로젝트의 일부로 화합물 저장소 역할을했습니다 . 개방형 표준을 위해 개발 된 개방형 PHACTS는 서로 다른 정보 소스, 표준 부족 및 정보 과부하와 같은 저분자 약물 발견의 병목 현상을 해결하기 위해 개방형 액세스, 의미 론적 웹 접근 방식을 사용합니다. [18]

참조 [ 편집 ]

  • NIST
  • PubChem
  • DrugBank
  • 체비
  • ChEMBL
  • 분자 모델링 용 소프트웨어

참고 문헌 [ 편집 ]

  1. Van Noorden, R. (2012). "화학의 데이터 웹 확장" . 자연 . 483 (7391) : 524. Bibcode : 2012Natur.483..524V . 도이 : 10.1038 / 483524a . PMID  22460877 .
  2. ^ "ChemSpider 블로그»블로그 아카이브»ChemSpider는 크리에이티브 커먼즈 라이센스를 채택합니다" . www.chemspider.com . 2015 년 4 월 2 일 에 원본 문서 에서 보존 된 문서 . 만회 2014년 3월 21일을 .
  3. Antony John Williams (2008 년 1 월 ~ 2 월). "ChemSpider 및 확장 웹 : 화학자를위한 구조 중심 커뮤니티 구축" . 화학 국제 . 30 (1).
  4. Williams, AJ (2008). "공공 화합물 데이터베이스". 신약 발견 및 개발에 대한 현재 의견 . 11 (3) : 393–404. PMID 18428094 . 
  5. Brumfiel, G. (2008). "화학자들은 데이터 웹을 돌 립니다 " . 자연 . 453 (7192) : 139. Bibcode : 2008Natur.453..139B . 도이 : 10.1038 / 453139a . PMID 18464701 . 
  6. Williams, AJ (2011). "Chemspider : 공용 복합 데이터베이스에서 파생 된 데이터를 선별하기위한 크라우드 소싱 협업 플랫폼". 생물 의학 연구를위한 협업 컴퓨팅 기술 . 363–386 쪽. DOI : / 9781118026038.ch22 10.1002을 . ISBN 9781118026038.
  7. ^ 펜스, 그는; Williams, A. (2010). "ChemSpider : 온라인 화학 정보 리소스". Journal of Chemical Education . 87 (11) : 1123. Bibcode : 2010JChEd..87.1123P . DOI : 10.1021 / ed100697w을 .
  8. ^ "데이터 소스" . Chemspider . 만회하는 5 월 (16), 2019 .
  9. ^ "ChemSpider 블로그»블로그 아카이브»미국 EPA DSSTox 브라우저는 ChemSpider에 연결합니다" . ChemSpider. 8 월 23 일에서 2008 년 보관 원래 2017년 11월 7일에 . 2017 년 11 월 7 일에 확인 .
  10. Hettne, KM; Williams, AJ; EM, Van Mulligen; Kleinjans, J .; Tkachenko, V .; Kors, JA (2010). "다중 소스 화학 사전의 자동 및 수동 큐 레이션 : 텍스트 마이닝에 미치는 영향" . Journal of Cheminformatics . 2 (1) : 3. doi : 10.1186 / 1758-2946-2-3 . PMC 2848622 . PMID 20331846 .  
  11. ^ "ChemSpider 블로그»블로그 아카이브»누가 전체 ChemSpider 데이터베이스를 갖고 싶습니까?" . www.chemspider.com . 2015 년 9 월 24 일 에 원본 문서 에서 보존 된 문서 . 만회 2014년 4월 18일을 .
  12. ^ "App Store에서 제공하는 ChemSpider" . 앱 스토어 .
  13. ^ "ChemSpider Mobile-Google Play의 Android 앱" . play.google.com .
  14. ^ ChemZoo에 오신 것을 환영합니다 ChemMantis와 커뮤니티에서 기부 요청, 2008-10-23, A. Williams, 블로그 게시물 2015-09-24 Wayback Machine에 보관
  15. ^ "RSC는 ChemSpider를 취득합니다" . Royal Society of Chemistry. 2009 년 5 월 11 일 . 만회하는 2009-08-30을 .
  16. ^ "ChemSpider SyntheticPages" . ChemSpider SyntheticPages . Royal Society of Chemistry . 만회 년 6 월 (26) 2012 .
  17. ^ "ChemSpider 및 SyntheticPages는 합성 화학을 지원합니다" . RSC 출판 . Royal Society of Chemistry. 2010-02-05. 에서 보관 원래 2012년 7월 26일에 . 만회하는 2012-06-26을 .
  18. Williams, AJ ; Harland, L .; Groth, P .; Pettifer, S .; Chichester, C .; Willighagen, EL; Evelo, CT; Blomberg, N .; Ecker, G .; Goble, C . ; Mons, B. (2012). "Open PHACTS : 신약 발견을위한 시맨틱 상호 운용성" . 오늘날의 약물 발견 . 17 (21–22) : 1188–1198. DOI : 10.1016 / j.drudis.2012.05.016을 . PMID 22683805 .